Nightingalen hallituksella on yleinen vastuu yhtiön hallinnosta ja toiminnan asianmukaisesta järjestämisestä. Hallitus on vahvistanut itselleen kirjallisen työjärjestyksen, jossa määritellään hallituksen käsiteltäväksi kuuluvat asiat. Hallitus vahvistaa Nightingalen strategiaa, organisaatiota, kirjanpitoa ja varainhoidon valvontaa koskevat periaatteet sekä nimittää toimitusjohtajan. Toimitusjohtaja vastaa Nightingalen strategian toteuttamisesta ja juoksevien asioiden hoitamisesta hallituksen antamien ohjeiden ja määräysten mukaisesti.
Yhtiön hallitukseen kuuluu vähintään kolme ja enintään kymmenen varsinaista jäsentä, Hallituksen jäsenet valitaan toimikaudelle, joka päättyy valintaa seuraavan varsinaisen yhtiökokouksen päättyessä. Hallitus valitsee toimikaudekseen keskuudestaan puheenjohtajan.
Yhtiö on perustanut tieteellisen toimikunnan, jonka tehtävä on tukea yhtiön strategian edistymistä, mutta joka ei ole yhtiön päättävä elin. Toimikunnan tavoitteena edistää yhtiön tieteellistä tutkimusta ja tukee yhtiön ja biopankkien sekä tutkijoiden välistä yhteistyötä. Tieteellisen toimikunnan puheenjohtajana toimii Nightingalen tieteellinen johtaja Peter Würtz.
Tieteellisen toimikunnan jäsenet ovat:
Prof. George Davey Smith
University of Bristol, Iso-Britannia
Prof. John Danesh
University of Cambridge, Iso-Britannia
Prof. Eline Slagboom
Leiden University, Alankomaat
Prof. José Ordovás
Tufts University, Yhdysvallat